Учитывая, что не упоминалось ни одного конкретного pkg, я предполагаю, что это общий вопрос «как избежать использования configure».Исходя из исходного архива, нет никакого автоматизированного способа проработать зависимости.Это то, что нужно для настройки (вы всегда можете прочитать файлы Makefiles и autoconf и понять зависимости вручную, но тогда вы очень быстро пропустите настройку).Чтобы избежать этого, вам нужно использовать что-то другое, прямой tarball, который уже проработал зависимости.
Например, вы можете переключиться на сборку исходных rpms (или debs, в зависимости от вашей системы).Или вы можете использовать систему, такую как Gentoo, которая действительно хороша для разработки зависимостей для вас.Но все они требуют, чтобы интересующий вас pkg был доступен в их формате, поэтому они не будут работать с архивами, которые вы загружаете из провайдера исходного кода.