Вы используете планы выполнения для запроса, чтобы увидеть, где находятся затраты, чтобы вы могли ориентироваться на определенные области для улучшения.
Есть целые книги, написанные на эту тему, они довольно большие, поэтому на такой широкий вопрос нельзя дать ничего, кроме поверхностного ответа.
Начните с этой статьи - part1 и part2 из Simple Talk (Поиск причин плохой производительности в SQL Server).