Из вашего описания и ограниченного кода, который вы предоставляете, не очень ясно, что именно вы пытаетесь сделать, а что нет. Однако следующее может дать вам некоторые идеи. Если вы предоставите более подробную информацию и код, кто-то может дать вам лучший ответ.
ScriptManager1.RegisterAsyncPostBackControl (Button1);
чтобы инициировать отправку сообщения панели обновления из js, убедитесь, что вы используете UniqueID, а не ClientID, это обычная ошибка, предотвращающая работу асинхронной обратной передачи.
__ doPostBack ("<% = Button1.UniqueID%>", "");
Лично я почти отказался от UpdatePanels, я использую их только в самых тривиальных случаях. Я предпочитаю, чтобы мой js вызывал веб-сервис ASP.Net JSON, а функция on complete отображала любые необходимые изменения в html. Он более гибок, легче и бесконечно быстрее для страниц с большими сетками или большим количеством элементов управления.