Предполагая, что вы знаете значение первичного ключа сущности, с которой вы хотите связать его (в вашем примере, $ keywordId), лучший способ сделать это - получить ссылку на сущность. Это дает вам ссылку без выполнения поиска в базе данных для связанной сущности.
Недостатком решения, которое вы разместили в своем последующем ответе, является необходимость дополнительной поездки в базу данных для получения записи ключевого слова. Получение его в качестве ссылки означает, что нет дополнительного поиска в базе данных:
<?php
// assumes $this->em is already defined as the Doctrine2 EntityManager
$page = $this->em->getRepository('App\Entity\Page')->find($pageId);
// associate $keyword with $page via a reference to the keywordId
$keyword = $this->em->getReference('App\Entity\Keyword', $keywordId);
$page->getKeywords()->add($keyword);
$em->flush();