Вы можете включить класс Java, который создает дерево в вашем проекте, и вызвать его из REPL, чтобы получить объект. тогда закрой этот объект для своего сердца :):
Единственное реальное решение, которое вам нужно сделать, это контролировать запуск в Clojure, который затем вызывает java или наоборот. Лично мне проще начать в Clojure, потому что с leiningen работать приятнее, чем с maven.