Хорошая интеграция IDE-VC наиболее важна, когда ваша IDE поддерживает операции рефакторинга, которые включают переименование файлов. Использование Eclipse JDT без интеграции с Subversion было бы безнадежно неэффективным, поскольку переименованный класс снова появится после «обновления svn», если Eclipse не сообщит Subversion о том, что файл был удален.
Если вы не проводите никаких таких рефакторингов, изменяющих файловую систему, интеграция VC в вашей IDE не очень важна, и вы можете справиться, например, с TortoiseSVN.