Если вы не включили запись в журнал, я боюсь, что ваши изменения, вероятно, потеряны. Система журналирования по умолчанию в SQLite работает не так, как вы ожидаете.
Из документации:
Традиционный журнал отката работает, записывая копию исходного неизмененного содержимого базы данных в отдельный файл журнала отката, а затем записывая изменения непосредственно в файл базы данных. В случае сбоя или ROLLBACK исходное содержимое, содержащееся в журнале отката, воспроизводится в файле базы данных, чтобы вернуть файл базы данных в исходное состояние.
См:
WAL: https://sqlite.org/wal.html
Форматы файлов, включая журналы:
https://sqlite.org/fileformat.html