Базовый SDK - это всегда набор инструментов, которые вы используете для компиляции своего приложения, и, следовательно, максимальное количество функций, которые вы можете использовать. Вы можете безопасно установить это на 5.0. С другой стороны, цель развертывания решает, какая минимальная версия может запускать ваше приложение. Вы бы установили это на 4.0 в вашем примере. Имейте в виду, однако, что вы должны позаботиться о том, чтобы не использовать какие-либо функции с iOS 4.1 и выше безоговорочно.
Существует несколько методов проверки доступности классов, методов и API в целом, которые позволяют использовать функции iOS 5 на устройствах, которые его поддерживают, при необходимости прибегая к API iOS 4.