Предполагая последовательный идентификатор:
SELECT id, rdate, member_id
FROM msgs
WHERE wrote_to='1000'
AND tb1.member_id != '1002'
AND deleted != '1000'
GROUP BY member_id
HAVING id = MAX(id)
ORDER BY rdate DESC
Использование GROUP BY
для вложенного выбора не является надежным (даже для упорядоченных результатов), поскольку поведение для столбцов, не указанных в группировке, не определено.