Конфигурация не выглядит правильно. Вы определяете 2 фабрики транзакций (и могут быть другие ошибки).
<property name="transaction.factory_class">org.hibernate.transaction.JTATransactionFactory</property>
<property name="hibernate.transaction.factory_class">net.sf.hibernate.transaction.JDBCTransactionFactory</property>
Я предлагаю вам зайти в Google с примерами файла конфигурации и прочитать документацию.