Файл jar не может иметь внутри jar зависимостей. В случае Eclipse он распакует все классы из jar-зависимостей и объединит его в ваш единственный jar-файл вместе с вашими файлами классов. Если не в пути затмения, вам нужно
1) Создайте файл манифеста, в котором перечислены все банки зависимостей
Manifest-Version: 1.0
Main-Class: Your Main class
Class-Path: dependency1.jar dependency2.jar dependency3.jar
dependency4.jar dependency5.jar
2) Создайте свой jar-файл с файлами классов, используя путь к классу, включая все jar-файлы зависимостей, и используя созданный выше файл mainfest.
3) В этой же папке, где вы создали свой jar-файл, поместите все jar-файлы зависимостей.
Теперь ваша папка будет выглядеть так
yourjar.jar (с файлом манифеста, который вы создали выше)
dependency1.jar
dependency2.jar
dependency3.jar
dependency4.jar
dependency5.jar
4) Теперь, если вы хотите поделиться этим, вам нужно поделиться этой папкой, и вы можете запустить свой jar из этой папки. Это ваша исполняемая папка, и вы можете запустить ее из любого места.