Эта ошибка возникает из-за того, как вы запускаете файл - если вы хотите сделать этот относительный импорт, вам нужно запустить вашу программу foo следующим образом:
>>> import topfolder.folder1.folder2.foo
>>> foo.run()
(Другими словами, вам нужно рассматривать структуру пакета, из которой вы импортируете, как фактический пакет.)