Элемент управления WebBrowser обрабатывает функциональность перетаскивания, поэтому вы не сможете (легко) перехватить это. Вместо этого вы можете обработать метод Navigating
и отменить навигацию, если тип файла неверен. (Возможно, вы захотите сделать более надежную проверку расширения).
Private Sub WebBrowser_Navigating(sender As Object, e As WebBrowserNavigatingEventArgs)
'get file extension
Dim ext As String = e.Url.ToString.Substring(e.Url.ToString.Length - 3)
If ext <> "CTB" Then
e.Cancel = True
MessageBox.Show("Only CTB files are allowed")
End If
End Sub