Вы не редактируете файлы .class.Это файлы .java, которые вы редактируете, а затем компилируете в файлы .class.Я предполагаю, что .java файлы должны быть там, если вы можете просмотреть их и обновить.Конечно, бессмысленно пытаться вернуть .java обратно и экспортировать, поскольку среда выполнения потребует .class.
Конечно, если это EJB-код внутри EAR, вполне возможно, что онлибо сгенерированный код, либо код, который должен быть запущен через EJB-компилятор для получения правильного EJB-компонента.