Если вы создаете веб-сайт с использованием jsp и используете сервер Tomcat (как я полагаю по вашим тегам), вы можете просто создать файл .war, а Tomcat сам его не развернет. Перейдите в Файл -> Экспорт -> WAR-файл, он создаст .war-файл, который вы можете загрузить на свое место. Обратите внимание, что для создания файла war вам нужен файл web.xml в папке WEB-INF.