Вы можете установить для параметра тайм-аута более высокое значение, но вы не можете сделать разницу между session_end, вызванным тайм-аутом, или пользователем, который завершает свой сеанс.
Решением вашей проблемы, вероятно, является восстановление сеанса пользователя в методе session_start в Global.asax.