Query
может вернуть только список.
Но вы можете преобразовать общий список в общий массив, используя toArray (T [] a) стандарта Java Коллекция интерфейс
Query q = session.createQuery("from com.daasl.Person");
List<Person> personList = q.list();
Person[] personArray = personList .toArray((Person[])Array.newInstance(Person.class, personList .size()));
Чтобы преобразовать список в набор, просто предоставьте список конструктору HashSet
Set<Person> personSet = new HashSet<Person>(personList);