Попробуйте это:
var result = "col1=,,,&col2=,&col3=,,&item5,item8,".replace(/,+&?/g,',');
Строка результата: "col1=,col2=,col3=,item5,item8,"
или
var result = "col1=,,,&col2=,&col3=,,&item5,item8,".replace(/=?,+&?/g,'=&');
Строка результата: "col1=&col2=&col3=&item5=&item8=&"
или
var result = "col1=,,,&col2=,&col3=,,&item5,item8,".replace(/,+/g,',');
Строка результата: "col1=,&col2=,&col3=,&item5,item8,"