Обратите внимание, что вы используете два разных URI пространства имен :
http://www.w3.org/2001/XInclude
и
http://www.w3c.org/2001/XInclude
Если они совпадают, пространство имен процесс исправления позаботится об этом.
Для этого ввода:
<books>
<chapters name="chapter1">
<pages name="page1"/>
<pages name="page2"/>
<pages name="page3"/>
</chapters>
</books>
Эта таблица стилей (ваша с исправленной опечаткой):
<xsl:stylesheet version="1.0" xmlns:xsl="http://www.w3.org/1999/XSL/Transform">
<xsl:output method="xml" indent="yes" />
<xsl:template match="data">
<xsl:apply-templates select="books" />
</xsl:template>
<xsl:template match="books">
<books>
<xsl:apply-templates select="chapters" />
</books>
</xsl:template>
<xsl:template match="chapters">
<chapter name="{@name}" source="{@source}"
xmlns:xi="http://www.w3c.org/2001/XInclude">
<xsl:apply-templates select="pages" />
</chapter>
</xsl:template>
<xsl:template match="pages" xmlns:xi="http://www.w3c.org/2001/XInclude">
<xi:include>
<xsl:value-of select="@name" />
</xi:include>
</xsl:template>
</xsl:stylesheet>
Вывод:
<books>
<chapter name="chapter1" source=""
xmlns:xi="http://www.w3c.org/2001/XInclude">
<xi:include>page1</xi:include>
<xi:include>page2</xi:include>
<xi:include>page3</xi:include>
</chapter>
</books>