Я думаю, у вас есть другая проблема, чем несовместимость браузера. Я только что попробовал все 3 браузера, и все они действовали одинаково с одним и тем же URL-адресом FTP. Возможно, в вашем корневом каталоге FTP есть какой-то путь ярлыка / перенаправления, и другие браузеры поддерживают это, но IE9 этого не делает (я так не думаю, но пытаюсь понять, что может быть не так). В противном случае все 3 браузера должны видеть один и тот же корень и работать с одинаковыми путями в соответствии с моими тестами на моих FTP-серверах.