Формат, в котором хранятся ваши данные, и количество используемых вами файлов будут зависеть от данных и от того, как они используются в приложении.
Вам необходимо найти баланс между: производительностью / скоростью сериализации и десериализации, простотой работы с данными, размером файлов, количеством файлов (и управлением файлами) и возможностью использовать внешние библиотеки.
Когда дело доходит до файловых форматов и сериализации, двоичный файл обычно быстрее, чем JSON, который обычно быстрее XML.
Библиотека, которую вы используете для сериализации, также может сильно повлиять на ситуацию. (Совет. При использовании данных в формате JSON используйте JSON.Net, а не DatContractjsonSerializer.)
Опять же, нет общих правил отображения разных данных. То, как вы это сделаете, будет зависеть от данных, различий и архитектуры приложения.
Если данные сильно отличаются, вы можете использовать разные страницы для разных данных.
Вы можете использовать разные пользовательские элементы управления для каждого типа данных и загружать соответствующий элемент на странице.
Вы можете использовать разные шаблоны.
Или вы можете связать (привязать) видимость элемента UIElement с типом данных или с наличием в данных определенных полей.