А как насчет функции cvFindContours
?Прошло много времени с тех пор, как я его использую, но я думаю, что вы можете затем перебрать CvSeq найденных контуров и работать с ними так, как вам нравится.
Я знаю, что это старая ветка, но, возможно, она может вам помочь!