Вы можете взглянуть на этот PHP класс .
Если я правильно понял вашу проблему. Делать это с этим классом так же просто, как:
$html = str_get_html($string);
$ret = $html->find('embed');
EDIT. И то же самое в phpQuery :
phpQuery::newDocumentHTML($string);
$ret = pq('embed');
Кстати, вам стоит заглянуть в этот пост Гордона.