Итак, я проверил код virtualenv.py, и у него есть список REQUIRED_MODULES, в котором, похоже, есть имена модулей, которые нужно присоединить в / lib dir новой среды. Этот список расширяется модулем «Предупреждения» после выполнения условия:
sys.version_info[:2] >= (2, 6)
Версия python была правильно идентифицирована, поэтому с virtualenv.py проблем не возникало. Чтобы указать, что я использовал установленный virtualenv, а не файл virtualenv.py.
После удаления файла virtualenv.pyc из dist-пакетов python проблема исчезла. Похоже, что-то не так с скомпилированным файлом virtualenv - похоже, проблема проверки версии питонов.