Библиотеки не являются специфичными для JavaEE.Для генерации XML в моем опыте чаще всего используются StAX и JDOM.StAX является частью JDK.Они также выполняют синтаксический анализ и проверку XML.
Пара учебных пособий: 1 2
StAX использует модель, основанную на событиях (прочитайте документ икогда вы видите, что элемент X что-то делает), и JDOM, не задумываясь, использует синтаксис, аналогичный DOM (найдите элемент XY).JDOM загружает все дерево документов в память, которая потребляет память, но работает быстрее.
Вот краткий обзор , сравнивающий два инструмента и JAXB.