Приложение будет поддерживать покупку в приложении, но не через HTML5. Вам нужно будет реализовать код Objective-C для поддержки покупок в приложении как часть вашего приложения. Так что, если вы надеялись на чистое решение HTML5, это невозможно.
Конечно, вы можете совершать покупки через собственный внешний сервис, и тогда вы вполне можете придумать решение на чистом HTML5. Однако это может вызвать проблемы с одобрением приложения Apple.