'Backgroundalpha' не будет работать.Вам нужно будет создать собственный прозрачный класс обложки приложения.Примерно так:
<s:Skin xmlns:fx="http://ns.adobe.com/mxml/2009"
xmlns:s="library://ns.adobe.com/flex/spark">
<fx:Metadata>
[HostComponent("spark.components.Application")]
</fx:Metadata>
<s:states>
<s:State name="normal" />
<s:State name="disabled" />
</s:states>
<s:Rect id="backgroundRect" left="0" right="0" top="0" bottom="0">
<s:fill>
<s:SolidColor alpha="0" />
</s:fill>
</s:Rect>
<s:Group id="contentGroup" left="0" right="0" top="0" bottom="0"
minWidth="0" minHeight="0" />
</s:Skin>
и назначьте его вашему приложению:
<s:Application ... skinClass="MyTransparentApplicationSkin" ... />
Я тестировал это решение на всех основных браузерах.(Да, это включает Safari)
Кроме того, <param name="bgcolor" value="transparent" />
не принесет вам пользы.Он будет принимать только цветные шестнадцатеричные коды.