Кому это может помочь:
Как уже упоминалось @Oli, вы можете общаться между Unity и приложением Android, используя этот метод:
UnityPlayer.UnitySendMessage("GameObjectName1", "MethodName1", "Message to send");
Чтобы этот метод работал, вы должны следовать этому руководству: http://forum.unity3d.com/threads/71607-Integrating-Unity-and-Eclipse
Вы также можете вызывать методы Java из файла Unity C # - http://docs.unity3d.com/Documentation/Manual/Plugins.html
Этот код можно использовать для запуска приложения Unity после того, как выдобавьте его как библиотеку в свой проект Android:
UnityPlayer mPlayer = new UnityPlayer(this); // Put your activity object here
int glesMode = mPlayer.getSettings().getInt("gles_mode", 1);
boolean trueColor8888 = false;
mPlayer.init(glesMode, trueColor8888);
Надеюсь, это кому-нибудь поможет ... Я много исследовал, пока не нашел эту информацию.