Использует ли ваш код при любых изменениях какой-либо JNI? (т. е. вы используете какой-либо нативный код, запущенный с Java?).
Мы видели подобное поведение, но JDK 1.6.0_05. Приложение появляется в тупике, но Jstack показывает потоки, ожидающие блокировки, которую не удерживают другие потоки. У нас есть некоторый код JNI, поэтому, возможно, мы что-то испортили.
Мы не нашли решения для этого, и проблема воспроизводима только на 1 машине.