Путь обычно используется для поиска исполняемых файлов, а не файлов данных в целом.
Лучше всего, вероятно, изменить псевдоним, чтобы файл ключа представлял собой полное имя пути, например:
alias myssh='ssh -i $HOME/ssh/mykeyfile.ppk pax@example.com'
С полным файлом ключей не будет иметь значения, где вы сейчас находитесь в файловой системе (если, конечно, ssh
сам находится на вашем пути где-то, но это другой вопрос).