OpenGL - это всего лишь API для рисования (хотя и мощный). Он не связан с загрузкой файлов, будь то геометрия или изображения, управление сценами или другие вещи высокого уровня. Это все ваша ответственность.
Вы не можете загружать файлы MD2 , используя OpenGL, но вы, конечно, можете загружать файлы MD2 с помощью загрузчика / анализатора файлов MD2 и передавать извлеченные данные в OpenGL. Это большая разница. Если эти концепции очень новы для вас, я советую вам сначала начать изучать сам OpenGL, следуя некоторым учебникам: http://www.opengl.org/wiki/Getting_started#Tutorials_and_How_To_Guides
Как только вы освоитесь с самим OpenGL, вы можете написать свой собственный анализатор MD2 или использовать для этого какую-нибудь стороннюю библиотеку. Но не забегай вперед, спаси себя от этого разочарования.