Чтобы найти все результаты, вы должны передать пустой массив методу findBy, я думаю, это то, что вы притворяетесь:
$users= $em->userRepository->findBy(
array(),
array('id' => 'DESC'),
10,
0
);
Первый параметр - это пустой массив, который эквивалентен findAll (), затем порядок (я указал id в качестве образца), затем limit и, наконец, смещение.