Одна вещь, которую вы можете сделать, это настроить одну конфигурацию запуска, затем щелкнуть по ней правой кнопкой мыши и выбрать «дублировать». Это сохранит все аргументы.
Не идеально, но у AFAIK нет способа изменить рабочий каталог по умолчанию.
Вы также можете установить нужный вам каталог в качестве замены строки (Window-> Preferences-> Run / Debug-> String Substitution) и затем использовать эту переменную в каждой конфигурации запуска - вам все равно придется установить ее, но вместо этого выбора dir каждый раз, когда вы просто выбираете переменную.