Технически вы можете пометить содержимое одного файла без его имени.Но такие теги имеют ограниченное использование.Ожидается, что теги будут указывать на коммиты, а специальные теги для некоммитов ведут себя по-разному (вы не можете git оформить такой специальный тег).Поэтому я настоятельно рекомендую никогда не использовать теги без фиксации.
Если вы хотите, чтобы только некоторые файлы были помечены, может быть лучше использовать для них отдельный репозиторий или хотя бы разные ветки, так как git всегда выглядитв полном дереве для его операций.
Если вы все еще настаиваете на создании такого специального тега, вы делаете:
> git ls-tree HEAD
040000 tree 2c186ad49fa24695512df5e41cb5e6f2d33c119b bar
100644 blob 409940768f2a684935a7d15a29f96e82c487f439 foo.txt
> git tag my-bar-tree 2c186ad49fa24695512df5e41cb5e6f2d33c119b
> git tag my-foo-file 409940768f2a684935a7d15a29f96e82c487f439