Ваш скрипт извлекает данные, которые находятся между слешами, например:
/test1/test2/ transfers into /index.php?1=test1&2=test2
но так как вы начали использовать папку, она работает так:
/folder/test1/test2/ transfers into /index.php?1=folder&2=test1&3=test2
чтобы имя папки нарушало вашу структуру, вам нужно исправить каждую строку с именем или выражением папки следующим образом:
RewriteRule ^[^/\.]+/([^/\.]+)/?$ /folder/index.php?1=$1 [L]
Таким образом, вам нужно будет исправить и регулярное выражение, и новый путь в каждой строке, просто замените папку именем вашей папки и добавьте [^ / \.] + / при запуске
Если это не сработает, вам может понадобиться исправить только регулярное выражение, не добавляя / folder во вторую часть строки