Я полагаю, что это комбинация обоих ... Вы можете сказать, что "X-Powered-By: PHP / 5.3.6-6 ~ dotdeb.1" происходит из PHP, а "Server: nginx" - из NGINX.
Вы можете изменить заголовки в PHP следующим образом:
<?php
header("HTTP/1.0 404 Not Found");
?>
Заголовок gzip наиболее определенно исходит от NGINX, поскольку он сжимает вывод (html) в браузер.PHP может «добавить» заголовки, вызывая функцию, подобную приведенной выше.Затем сервер объединяет его с заголовками PHP и обрабатывает запрос.
Это зависит от вашего сервера, имеют ли заголовки PHP приоритет над заголовками сервера.
Надеюсь, это поможет.