(не уверен в правильной процедуре с ответом на свой вопрос - но ...)
Похоже, у меня был конфликт с ScriptAlias и RewriteRule. В конце концов, решение состояло в том, чтобы использовать AddHandler для создания отношений, а затем использовать mod_rewrite, чтобы вытянуть все в CGI. И RewriteCond, чтобы избежать отлова / resources / и / media /. Мой VirtualHost теперь выглядит так:
AddHandler cgi-script .cgi
RewriteEngine on
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/resources/.*$
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/media/.*$
RewriteRule ^(.*)$ /cgi-bin/pyblosxom.cgi$1 [L]
Спасибо за вашу помощь, ребята.