JDK можно установить и использовать отдельно от любого другого приложения, и на одной машине может работать несколько версий. (Что обычно происходит при работе с разными клиентами / проектами).
Если ваша установка JDK связана с сервером приложений GlassFish, вы, вероятно, использовали установщик «Java EE SDK» (http://www.oracle.com/technetwork/java/javaee/downloads/index.html). Это включает в себя все необходимое для запуска разработки на JavaEE.
Вы можете получить обычный установщик только для JDK по адресу http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html (см. Предыдущие выпуски для JDK 5), с помощью которого вы можете установить только JDK в отдельном месте на вашем компьютере.
После установки JDK 5 вам просто нужно указать JBoss использовать его вместо версии GlassFish / System Java. Для этого достаточно указать только путь JAVA_HOME к нужному JDK для сценариев запуска JBoss.
На вашем компьютере может быть столько установок JDK / JRE, сколько вам нужно. Просто убедитесь, что для каждого приложения, для которого требуется определенная версия, вы правильно настроите JAVA_HOME.