Подобное произошло со мной (при использовании PHP), и я выяснил причину, по которой я указал относительный путь к файлу, который будет включен в код.
include("./lib/libfile.php");
Позже, когда я заменил его на абсолютный путь, все заработало.
include("D://code/lib/libfile.php");
Возможно, у вас похожая проблема.