Как уже упоминалось в комментариях, использование File :: Copy действительно является лучшим решением. Он перезапишет файл назначения (по крайней мере, в моей системе).
use File::Copy;
copy $intensity, "/home/alos/Y2H_images/all" or die $!;
Если вы хотите проверить, существует ли файл назначения, это можно сделать с помощью:
print "File exists: $intensity\n" if -e $intensity;
Если вы все еще хотите удалить файл перед копированием:
unlink "/home/alos/Y2H_images/all$intensity" or die $!;