Это действительно зависит от того, насколько сложны варианты стилей. Если это что-то простое, возможно, лучше использовать встроенный CSS. Если есть много настроек, то я бы посоветовал вам создать их настроенный CSS во время «сохранения» и сохранить его в файловой системе. Лично я не предпочитаю styles.php, так как это дополнительная нагрузка на сервер, сравниваю веб-сервер, отправляющий статический файл, с необходимостью обрабатывать этот запрос через php и затем обслуживать контент.
Если у вас действительно мало посетителей и / или CSS меняются ОЧЕНЬ часто (что я не могу понять почему), вам лучше использовать встроенный CSS или генерировать динамические файлы CSS для каждого пользователя.
На основании вашего ответа в комментарии. Я думаю, что лучше всего создать файл CSS после сохранения и перезаписать файл CSS по умолчанию, который вы бы включили в пакет.
Самое простое решение, которое я вижу. Вы можете иметь шаблон CSS-файл, в котором вы можете иметь теги. Загрузите шаблон в переменную PHP. Замените теги входами, которые вы получаете из формы настроек. Сохранить / перезаписать CSS, все готово.