Вы смешиваете асинхронный и неасинхронный код GA, что может привести к непредсказуемым результатам.
Весь последний блок скриптов можно заменить на:
_gaq.push(["_trackPageview", "/404.html?page=" + document.location.pathname + document.location.search + "&from=" + document.referrer]);
Однако вы можете рассмотреть возможность использования отслеживания событий, а не перегружать данные о просмотрах страниц, поскольку такое форматирование может быть трудночитаемым, трудным для анализа и означает, что, поскольку вы отправляете два просмотра страниц для своих 404, нет 404 когда-либо будет записан как отскок (что вряд ли так).
_gaq.push(["_trackEvent", "404", location.pathname + location.search, document.referrer, 0, true]);
Это отправит событие, не связанное с взаимодействием, поэтому оно не только позволит вам определить, где находятся ваши 404, но и не повлияет на показатель отказов, а также позволит вам группировать данные как по рефереру, так и по 404-я целевая страница.