Есть два способа сделать это. Вы можете, как вы предложили, получить объект доступа и работать с ним:
Dim objAcc
Set objAcc = CreateObject("Access.Application")
objAcc.SetOption "Default Database Directory", "C:\Test"
objAcc.Quit
Или вы можете просто отредактировать значение в реестре:
Dim WshShell
Set WshShell = WScript.CreateObject("WScript.Shell")
WshShell.RegWrite "HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Office\11.0\Access\Settings\Default Database Directory", "C:\Test", "REG_SZ"