Java работает с Юникодом (String для UTF-16 внутренне, но обрабатывает весь Юникод, см. API для получения дополнительной информации). Если у вас есть проблемы с «нераспознанными символами», возможно, вы прочитали ввод с неверной кодировкой или неправильно сохранены.
Более конкретная помощь невозможна без указания исходного кода, извините.