Вы можете создать свой пользовательский интерфейс с помощью scene2d, набора библиотек, также включенных в библиотеки-движки libGDX (http://code.google.com/p/libgdx/wiki/scene2d). Все, что вам нужно сделать, - это создать актера из этой библиотеки и добавить его на сцену / сцену./ screen. После этого примените некоторые действия к вашему актеру, и вы получите тот же эффект, что и с JavaFX или Flash. Если вам нужно специальное действие, которое вы не можете запустить при рендеринге своего приложения, и вам нужно инкапсулировать это действиев вашем Actor создайте новый Actor, который реализует ваш основной объект (label, textbutton, ...) и переопределите метод act и draw для реализации вашего собственного Actor.
libGDX не совместим (я думаю) сJavaFX, создайте все приложения в LibGDX, это хорошая сделка.