Вам не нужно использовать DOM, это всего лишь одна из многих возможностей. DOM хорош, если вам нужен произвольный доступ к любой части XML, например, при использовании его для хранения и использования структурных данных в течение длительного периода времени.
Даже тогда, в эти дни вы найдете JAXB гораздо более естественным. Он связывает структуру XML с классами Java, превращая документы XML в экземпляры этих классов для удобного использования в коде Java. Поскольку JAXB был создан в контексте поддержки веб-сервисов, вы, вероятно, найдете там хорошую поддержку.
Но я думаю, что для ваших целей, вы могли бы сделать это только с помощью преобразования XSLT. Можно написать таблицу стилей, которая выводит простой текст на основе тех элементов, которые описывают методы. XSLT в Java прост в использовании, в Sun JRE есть реализация по умолчанию, и он очень производительный. Я бы определенно выбрал XSLT в качестве первого варианта.