innodb_flush_method не имеет ничего общего с чтением, речь идет о кэше записи.
InnoDB фактически читает из пула буферов, который загружается в ОЗУ.Если данные недоступны в пуле буферов, он выбирает страницу, содержащую запрошенные данные, и загружает ее в пул буферов.Я не уверен, для какого кеша вы запрашиваете, и не могу точно сказать, попадет ли он в системный кеш, но вероятность того, что данные будут представлены в системном кеше, а не в буферном пуле, IMO равна нулю.