Я полагаю, вы говорите о Linux? Тогда да, вполне допустимо, чтобы некоторые задачи выполнялись с SCHED_RR, а другие - с SCHED_OTHER.
Обратите внимание, что задачи SCHED_RR всегда будут выполняться раньше задач SCHED_OTHER. Поэтому неудивительно, что ваши тесты работают лучше, если вы установите для своих задач значение SCHED_RR. Следует остерегаться того, что ваши задачи SCHED_RR могут использовать 100% ЦП и не справляться с задачами SCHED_OTHER. Может быть, это происходит, когда вы говорите, что некоторые входные данные отбрасываются.
Michael