Можно ли создать не только таблицу с EF CodeFirst, но и включить ее в схему?
Вы можете указать схему с аннотациями данных следующим образом
[Table("MyTable", "MySchema")] public class MyEntity { }
Или с помощью API
modelMoulder.Entity<MyEntity>().ToTable("MyTable", "MySchema");