То, что вы ищете, это информация о написании расширений оболочки. Как правило, не рекомендуется писать расширения оболочки в .NET, хотя ландшафт теперь может быть намного лучше, если Framework 4.0 поддерживает параллельную загрузку инфраструктуры.
Поиск с помощью Bing / Google для shell extension c#
приведет к ряду результатов, которые могут иметь значение.
Что касается стыковочной части вашего вопроса, самый надежный способ - это зарегистрировать ваше приложение в качестве панели инструментов рабочего стола приложения (AppBar). Вот статья Code Project, посвященная тому, как сделать это с C #, она должна стать хорошей отправной точкой. , http://www.codeproject.com/KB/dotnet/AppBar.aspx